同年九月，普特曼斯与刘香在台湾的大员汇合，准备再度进攻郑芝龙。
福建巡抚邹维琏檄调诸将，大集舟师，准备痛击荷兰侵略者，身任“五虎游击将军”的郑芝龙担任战斗前锋，实际负责运筹指挥这场战斗。郑芝龙舟渡漳州海澄，誓师出发。不久在澎湖的遭遇战中，焚毁荷船一艘，生擒荷将一名，溺死荷兵数百。
十月二十二日，由郑芝龙带领，明军一百五艘左右的帆船（其中五十艘为特大战船）在金门料罗湾追上荷兰大船九艘、刘香船五十多艘。郑芝龙报仇心切，奋勇当先，使用铁钩钩住敌船纵火焚烧战术，共焚毁荷兰快艇一艘，并捕获另一艘快艇。刘香临阵败逃，普特曼斯狼狈退回台湾。
经此一役，郑芝龙声势大振，普特曼斯只好放弃与刘香勾结，改与郑芝龙修好，转而表达今后想在台湾、而不是强势前往福建寻求对华贸易的意愿，由郑芝龙派船到台湾进行贸易。
郑芝龙为了和倭人贸易，也不愿长期树敌，因此在一位住在热兰遮城的同安商人林亨万居间协调下，双方同意进行贸易往来。于是福建商船开始驶抵台湾。东印度公司史料說：如果公司想存在下去，必须把一官这一根刺从公司脚下拔除。
九死一生的刘香不满荷兰人又与郑芝龙修好，在崇祯七年四月九日清晨天亮前，利用月亮被遮住，以部众六百多人袭击大员（今台南安平）的荷兰人城堡热兰遮城，并且已经用云梯爬上了城墙。被荷兰哨兵发觉，经开枪和炮轰后，刘香率部众逃散而去。数天后，这支海盗从高雄离开台湾，李旦之子李国助倒戈投降明军。
崇祯八年三月二十日，郑芝龙在广东田尾洋击溃刘香海上武装集团，刘香引火自尽；但在此役，郑芝龙的胞弟郑芝虎战死。
接到福建巡抚表奏朝廷：“芝龙果建奇功，俘其丑类，为海上十数年所未有。”崇祯龙颜大悦，加封郑芝龙为福建水师副将，等于将朝庭的水师实力尽付于郑芝龙之手，郑芝龙一跃成为南海的真正霸主。
海上的喜讯传来，崇祯更盼曹文诏胜利的消息，此时曹文诏已率二十多万大军，耗时五月之久，费饷近百万两银，崇祯已接到户部多次告急文书，四月初二，户部上书言，崇祯八年新饷，除蠲羌外，酌解部六百八十万石，岁出七百五十六万石，额少七十万余石。
崇祯无奈，只得频频从内帑中拿出银两发给曹文诏军饷，正月二十五日，拿出帑金二十万两助剿饷，二月出太仆寺金十万两输安徽，又留河南饷十万两。其湖广饷十九万两。四川留四万两，又盐课银二十万两贮于淮扬，防寇逸。
按杨嗣昌的计划，再有二个月就可以将高迎祥一网打尽，但此时崇祯连两个月也不想等了，大军每月都得耗银数十万两，多担搁一个月，朝庭的亏空就会多数十万两金银，这些都要他用内帑来填，后世许多人认为崇祯贪财，紧搂银子不放，有人还绘声绘色的说，崇祯死时，闯军从内库中取出数千万两内帑银。
其实稍有点头脑的人就知不可能，江山都没有了，皇帝要银子有什么用，许多投靠满清的大臣都把皇帝形容成白痴来显示自己投靠异族是多么的逼不得已，后世有许多研究历史的人竟然也相信如此说法，殊不知皇帝真是一个白痴，又怎能牢牢撑控国家政权十几年之久。
崇祯登极以来，他的内帑银每年只有减少，没有增加过，他从哥哥手中接过这个烂摊子，朝庭的财政每年都在亏空，大臣们都把目光放在皇帝的内帑上，好象能取之不尽，用之不绝，崇祯也确实是想成了一个忠兴之帝，登极头年就从内帑中拿出近百万两银子给袁崇焕，作为关宁士兵的欠饷，才稳定了当时的兵变，但现已是崇祯八年了，朝庭每年都有亏空，就是内帑真有一座金山也快空了，崇祯才分外急燥。
曹文诏每隔数天就接到崇祯催问官军的进展，口气也越来越急，曹文诏已明白了皇帝的心思，四月中，曹文诏放弃了稳步推进的做法，加快了攻击速度，怀宁，霍山相继被官军拿下，义军只能困于麻城，罗田两城。
曹文诏总算放下了心，若不是两城背靠大别山，易守难攻，官军早已攻下了，不过，在官军持续不断的打击下，曹文诏相信，再过十几天，官军就能将义军全部歼灭在此，到时提前一月完成计划，总算对起得皇上的隆恩。
刘芳亮的二千唐军进入河南后，一路上众人小心谨慎，避过了一队又一队的官兵，实在避不过，便强行冲入，官军遇到这队人马算是倒了大霉，两军隔的远远的就挨了数轮火枪，等到了近前，一半人马已丢了，唐军的手雷又如雨下，炸得官军人仰马翻，小队的人马被唐军干脆屠杀殆尽，遇到大队的官兵直接冲破后就迅速离开。
官军被打得晕头转向，常常在唐军冲破已方队列后还久久回不过神来，郝摇旗见到了这批武器的利害，越想把它们快速送到义军手中，偏偏欲速则不达，郝摇旗带着刘芳亮等人接连到了几个地方都扑了个空，郝摇旗先是到信阳，信阳早落到了官军手里，信阳重兵动集，左良玉、汤九州数万大军在此，众人差点被围，好在都是骑兵，反应较快，否则被数万大军围上，武器再利害恐怕也冲不出去，就是冲出去了也会死伤惨重。
众人又转向六安，六安又被左良玉的部下占领，好在六安官军不多，众人绕道后，直扑霍山，没想到又晚了一步，霍山已被官军攻下，义军已转到了麻城，这下郝摇旗也傻了眼，两城的西面和南面被官军围了个水泄不通，东面和北面又有大别山阻隔，除非众人能带着兵器翻过大别山，否则，就是插上翅膀也飞不过几十万官军的包围圈，将火器送到义军手中，郝摇旗刘芳亮等人只能每天在外面打转，希望能找到空隙冲进去。