送走了科尔沁和张献忠的使者，西安城慢慢平静了下来，商业却异常红火，唐军的交易税每月收入达到二百万两，江南的稻米，小麦，食盐，茶叶还在源源不断的运往唐军境内，同时陕西的牛羊也大量运往江南，还有许多淘汰的战马也大规模向东南贩运。
各地的商人源源不断的往返于两地，每个人都憋足了劲，运货，运货，只要能把货运到，无论是把江南的货物运到陕西，还是把陕西的牛羊运到江南，货物都能很快售空。
这段日子，唐军官方物质的屯积明显加快，不但大规模向商人收购各类物质，还亲自组织商队抢运，不过，当然不能打自己的旗号，唐军的高层明白，只要朝庭得到了刘芳亮等人的情报，肯定会将现在双方红火的贸易关闭，以后这些物品就要靠走私了。
刘芳亮率二千余唐军由西安，渭南，出潼关之后，变得小心起来，高迎祥部攻占凤阳后，声威大振，各地饥民不惜数百里，扶老携幼来投，义军的实力不断增加，但凤阳却非是久留之地，凤阳城中大户也不多，和朱家有关系的早已搬到了南京，或者北京，高迎祥在凤阳只休整了三天，转而向西，初攻庐州（今合肥），死伤千人不克，转攻舒城又不克。
崇祯八年正月二十三日，义军率军攻下巢县。越四日，又袭取庐江。明日又兵下无为州，杀知州张化枢。二月初一，高迎祥率军围攻潜山，克之。杀知县赵士彦。
二月初春，义军连下太湖、宿松，所过太和、霍山、六安、毫州悉被攻取。高迎祥部继攻下宿松后，又连克徐州及虞城、商丘、汝宁、真阳、新蔡，试图打开经河南北上靠近唐军的通道，取得唐军的援助，遇到官军阻击后，又转而南进，二月初四日，其分部攻下罗田，罗田界湖广、江北之交。罗田一下，义军打通了往湖广的门户。
但到此时，义军的好日子也就到头了，曹文诏代天子出征，为天下督师，赐尚方剑，令集诸路兵驻楚、豫适中之地。二月中旬，六安，汝宁等地被官军夺回，三月初曹文诏已将义军攻下的大半县城收回。
三月中旬，曹文诏在铜陵大会诸将，商议围剿农民军于安徽，湖广和河南三省交界处，曹文诏令陈奇榆，邓玘、尤翟文等驻武昌，防守张献忠；左良玉、汤九州控信阳，六安一带、尤世威、陈永福、徐来朝分驻鹗洲，黄岗，太湖一带，曹文诏亲率大军在安庆，铜陵向义军进逼，十数万义军被官军步步蚕食，义军只得收缩再收缩，只剩下数万精锐被围于霍山、罗西，麻城一带。
此时，杨嗣昌的提出的“四正六隅十面网”的计划可以说已经成功，剩下的就是收网阶段，曹文诏乐观的估计，只还需二个月时间，就可以将这股无法无天到敢挖皇帝祖坟的贼军一网打尽，崇祯接到捷报后心情好了起来。
令崇祯心情好转的还有另外一件事，由熊文灿招抚的郑芝龙和朝庭配合，经数月的海上交战，全歼了大海盗刘香的般队，大明沿海为之一清，不再受海盗骚扰。
郑芝龙原名郑一官，原先投靠过荷兰人，荷兰人为垄断对日贸易，指使一些中国船只在大明沿海掠夺，郑一官就是和荷兰人合作的海盗之一，后来，郑一官感觉在荷兰人手下没有发展，便离开荷兰人，投靠了当时的海盗盟主颜思齐。
郑一官在颜思齐死后，自立门户，从福建招来郑兴、郑明、杨耿、陈暉、郑彩等部将。他将部下分为十八先锋，结为“十八芝”，从此改名为“芝龙”，而不再称“一官”。
其它海商都在郑芝龙的海盗打击下损失掺重，不得不让出这条贸易线，郑芝龙就自己买船做起了两地贸易，但他的船队还小，不能独占，朝庭招抚后，郑芝龙向众人许诺不再抢劫，而向每一艘航线上的船只根据大小收取一万到三万两白银不等的保护费。每年仅此一项，郑芝龙收入就逼近千万两。
可是郑芝龙受明朝招抚后，原先与他一起出生入死的刘香一股势力心有不甘，拉到广东，继续其海上劫掠营生。刘香势力与荷兰人勾結，在一段时间內不但频频劫掠福建，广东沿海一带，对郑芝龙的般队也造成很大威胁
刘香势力在广东崛起后，台湾海峽又转向不平靜。郑芝龙的船队刘香虽然较少打劫，但他每月从各个船队身上的抽成却损失巨大，熊文灿调走后，新上任的福建巡抚邹维琏宣布恢复海禁，并力阻郑芝龙与在台湾的荷兰人私下通商。郑芝龙欲扫除刘香，而在此之前，原为郑芝龙旧部的李魁启和钟斌也先后叛离，但都遭到郑芝龙扫除，刘香成了他原先一起结伙的海寇中最后的对头，也是最难应付的一股势力。
崇祯五年十二月四日，郑芝龙与刘香的船队在福州附近遭遇，发生血战，从早上打到傍晚，双方各死伤八百到一千人。郑芝龙弟弟郑芝虎在身上两处负伤的情況下，冲入敌阵，被刘香的人用四爪锚和铁链缠住，几乎不能脫身，后来是部下拼死救出。刘香本人则向南逃逸而去。
崇祯六年七月，新任荷兰台湾长官普特曼斯为迫使明朝开放贸易，企图用武力强占大陆沿海，在刘香的帮助下，不宣而战，派出八艘战舰，对刚刚追剿刘香回到厦门沒有戒备的郑芝龙部和明朝官兵发动突袭。击沉、烧毁和弄沉港內郑芝龙和明朝官兵的二十几艘战船。这些船只是郑芝龙的精锐部队，也是当时中国最先进的海上武裝船队，船上配备完善，架有十六、二十到三十六门大炮。
厦门的官员在驻军遭到荷兰人痛击后，采取息事宁人态度，找人与荷兰人疏通，表示愿意通知厦门、金门、烈屿、鼓浪屿及附近各岛的百姓送上二十五头牛、二十五只猪和一百只鸡，希望荷兰人不要再伤害百姓，使他们可以继续安心耕种。