财政大臣和农工大臣由相璋一人兼任，这其实也是对当初组织成员的一项补偿。毕竟组织建立时的五人如今已经只剩三个，而陆仁一来忙于研究不任事，二来他的身体所以实际上组织就剩赵抗他们两个人了。何况即使如此，相璋的权力还是不如以前的。外交大臣和监察大臣暂时没有合适的人选，赵抗打算公开求贤。这些大臣都算是文职人员，基本俸禄和待遇要明显高于军官，但是军人是有功勋和斩首收入的，所以实际上还是军官更高。在赵抗看来这样是比较合理的，毕竟他们可是要冒生命危险的，而赵抗又禁止官兵私自分配战利品。

接着就是功臣的封赏升调了，近卫师三大部分打散重编，不再细分为骑兵、步兵和弩兵，要求每个士兵都必须是全能，江晨星升为近卫师师长，孙大鹏为副师长，兼任一团团长。由于有不少符合条件的新兵加入，现在近卫师的人数也终于达到了二万八千人，随着这些新兵在老兵的言传身教下迅速成长，这支已经闻名天下的军队将更加可怕。

而原来的几个步兵师则打散重组，将那些从解放奴隶和被掳壮丁中精选出的士兵充实其中，数量达到了二十万，并将在随后的训练中进一步精编，最后保持在八万到十万的规模，改称为第一军，由赵抗亲自任军长。下辖三个师，其中的第一师由赵抗的亲信郭玉担任。“黑狼”骑兵师本身编制不变，隶属于全部由胡人组成的第二军，也由赵抗任军长，而阿尔的外籍兵团，在编制上也隶属于第二军。第二军由于在燕京一带又获得了不少兵员，如果连阿尔的部队和南洋土著士兵也算上，已经超过了六万人。

这里必须提一下赵抗发起的军事改革，他将陆军分为两大类——地方驻军和野战军，地方驻军数量相当多，超过二十万，农忙时种田，农闲时训练，他们的职责很明确——保境安民，并且在战时从中抽调工兵。同时为了磨炼他们的吃苦能力，赵抗还给他们安排了一项任务，在遇到自然灾害时，他们必须帮助地方抵御灾害，他们战时及救灾时的开支由地方财政支付，种田时则不给军饷，但可以免税，所以大家还是踊跃参加的，毕竟地方驻军里是相对安全的；野战军则包括近卫师、第一军以及编制未满的第二军这三大块，总兵力约十多万，相关费用由中央财政支付。他们的职责更为明确，就是杀人，这支为进攻而准备的劲旅将在战场上展现出令人瞠目的力量来。

海军也进行了类似的划分，分为地方舰队和远洋舰队，地方舰队除了要守卫海岸外，还负责海上的商业交易与清剿海盗的任务，不但没有拨款，反而还要向中央和地方财政交税。尽管如此，因为海上贸易的利润太大，地方舰队里的职位大家还是趋之若鹜。地方舰队的总兵力赵抗计划扩充到三十万；远洋舰队则不同，他们的舰船至少是大型船，还有不少是巨型船，绝对称得上是一支可怕的海上力量，他们的职责是控制航线、攻击或封锁敌国港口以及大规模兵力投送。虽然总兵力只有十万不到，但一来船好，二来以远程攻击为主，在海战中优势很大。

说到这里，不得不提一下当初赵抗下令绑架南宋工匠及其家属的行动。虽然这导致南宋朝廷与组织实质上的决裂，但是靠着他们的帮助，很快台湾便制造出了质量完全合格的床弩和神臂弓，而且他们还将带出大批的学徒。再配合标准化和分工协作的推广，这些军械的成本都会大为降低，将来远洋海军的战斗力还能上升数倍。