随着战事推进，双方相持不下，惠登相开始对自己“独辟蹊径”产生怀疑，越发举棋不定。

闰四月，赣州内绝粮草，外无救兵，胡有升见士卒饥馁不堪，下令宰杀战马充粮，赣州已危在旦夕。

由于惠登相在赣州城下浪费了一个多月宝贵时间，王得仁撤守仁川又导致赣南几乎没有防御。

于是齐军第二兵团主力进展顺利，各部援军几乎没有遭遇阻力便顺利抵达赣州战场外围。

闰四月上旬，齐军前锋进至东流县，奉惠登相之命镇守东流的明将尤高弃城而逃。

五月一日，孔有德、尚可喜突袭叛军老巢，赣南门户临川，守军拼死顽抗，城中百姓同仇敌忾，孔尚进展缓慢，双方如菜鸡互啄，也陷入拉锯战。

不过消息传到赣南前线，明军震恐，因为他们的家眷都在临川。

一时之间，明军军心动摇，惠登相不得不下令全军撤退，回援临川。

胡有升获知消息，开城尾随追击，明军急于撤退，一路损失军马辎重无数，仓皇撤回临川，向孔有德尚可喜发起猛攻。

五月十九日，惠登相主力至临川城郊，击败孔有德部，迅速入城，明军紧急加固城防，准备长期固守。

齐军三路大军共计四万人马，完成了对临川府城的第二次包围。

邓长雄指挥三路人马，先扫除外围，切断府城同其他州县的联系。

尚可喜招募数万百姓，在东起王家渡，西至鸡笼山一带挖濠沟，筑土城。

与此同时，孔有德在赣江文家坊至杨子洲段架设浮桥三座。

百姓参与挖壕架桥者，每人每天可得五十文钱，两顿米饭，无酒有肉。

明史记载：“重赏之下，江右各地刁民，争相从贼围城，临川遂不支····”

六月初，挖壕架桥工程基本完毕。

马进忠在蒲子塘驻营，筑高台于永和门东二里。台高十余丈。可以将城内详情一览无余。

惠民门外则有围濠缺口十余丈，临川平民可以自由出入，用以进一步瓦解守军士气。

临川城中，明军早已军心溃散，吴尊周等将领以求援为借口，纷纷出城投降齐军。

到七月初，城中剩余明军，连同江西、江南，湖南各地聚拢而来的明国遗老，齐军叛逆，三寸金莲教信徒，白莲教众，福建海贼余孽……各路牛鬼蛇神共计八万余人坐守孤城，困兽犹斗，准备与城外齐军做最后一搏。

七月十日，齐军于城外架炮千门，“昼夜攻打，几破两门”。

明军将江西各地精良火器集中于临川，死战不退，攻城颇为艰难。

七月十二日，惠登相披坚执锐，亲自出城袭击攻城最卖力的尚可喜部，一战击杀尚总兵，大败齐军，斩杀各部兵马一千余。

坐镇南昌的邓长雄闻之大怒，命令三路大军限期攻克临川城。

见攻城无果，齐军决定长期围城。

临川物资储备充足，但也架不住被长期围困，一个月后，便快出现粮荒。

城中米价涨到十两银子一石，接着是一百两。

城中禽畜、老鼠，草根，树叶，树皮陆续被守军吃完，接着开始人吃人。

男人被称为“雄鸭”；女人被称为“伏鸡”；带刀者被称为“有毛”；无刀者被称为“无毛”；一旦碰到“伏鸡”和“无毛”的人，人们便会群起而食之。

惠民门外缺口每天都有临川平民逃走，这些想要逃离这座地狱的人，大都被守军用弓箭火铳杀死。

至广德元年十月十八日，齐军运来大批攻城野战炮，神火飞鸦，水师派来增援的两艘主力舰驶入河道，准备用巨型舰炮，猛烈炮击。

十九日，万炮齐响，“声闻百余里，山谷皆震”。

申时，朝鲜兵，蒙古兵沿着云梯登上城墙，在第二兵团的督战下，前锋终于攻入临川城内。

惠登相上吊不及，被擒。

大学士姜曰广在偰家池投水不及，被擒。

宋奎光在城西被捕获，不降被杀。

陈芳、黄人龙等将死于乱兵之中，剩下的将领不知所踪者，“大率皆为人所食也”。

之后，孔尚进率兵进城，宣布禁缠足令，屠城三日，城中大户、豪绅、生员悉数被斩，百姓中有支持缠足者，亦被杀。府城内外原有士绅百姓四万，齐军撤退时，止剩三千五百余人······

广德元年五月初，失去郑森消息，被左良玉抛弃，得知临川被这围，困守南京走投无路的弘光皇帝朱常灜，终于奋起余勇，决定最后孤注一掷，收拢南直隶各地残存兵马，全力西征，迎战顺江东下的齐军。

弘光皇帝不愧为太祖朱元璋的后代，血液里还流淌着沙场征战的血勇。

然而，也仅此而已。

五月初八日，朱常灜在南京太庙前，抱着祖宗牌位痛哭流涕，哭完后返回正殿，当着一众文臣武将的面，宣布自己有意御驾亲征，率王师与齐虏，和刘招孙决一雌雄。

以弘光皇帝怯懦胆小性格，当然不可能真的率兵打仗，毕竟叫门天子猪骑朕珠玉在前，在惠登相惨败，郑成功生死不明的情况下，朱常灜现在还能指挥的，基本都是些残兵败将，比起土木堡时的明军战力，相差不啻云泥。

一群南明臣子都不傻，知道皇帝只是挑个头儿而已，真正西征御敌，还得靠大殿之上的这群人。

六部几位堂官纷纷出列，表示愿意率大军出城，追击齐军，给齐虏以迎头痛击。

朱常灜对这些主动请缨都没有什么表示，最后，内阁首辅阮大铖不得不站出来，也学着别人那样，附和道：

“臣愿替陛下出征，一举击灭齐军！为吾皇分忧！”

出乎所有人预料，朱常灜一口答应了阮大铖的请求，诏令文渊阁大学士、首辅阮大铖被迫率王师“北伐西进”，征讨齐贼。