万历六年(1578年)，张居正以福建为试点，清丈田地，结果“闽人以为便”。于是在万历八年，张居正上疏并获准在全国陆续展开清丈土地，并在此基础上重绘鱼鳞图册。

全国大部分地区根据户部颁布的《清丈条例》对田地进行了认真的清丈，但也有一些地方官吏缩短弓步，溢额求功。如浙江海盐“水涯草堑，尽出虚弓，古冢荒塍，悉从实税。至于田连阡陌者，力足行贿，智足营奸，移东就西，假此托彼。甚则有未尝加弓之田，而图扇人役积尺积寸，皆营私窖。遂使数亩之家，出愈增而田愈窄焉。”然而由于大部分州县清丈彻底，革豪右隐占，额田大有增加。万历八年，全国田地为7013976顷，比隆庆五年(1571年)增加了2336026顷。随着额田的增加，加之打击贵族、缙绅地主隐田漏税，明朝田赋收入大为增加。尽管张居正清丈田亩、平均赋税的做法被海瑞等人认为是下策，并不能真正解决民间赋税不均的问题。但从理财的角度看，清丈田亩对于朝廷比较全面准确地掌握全国的额田，增加财政收入起了积极作用，更为重要的是它还为不久推行“一条鞭法”的赋税改革创造了条件。

张居正很清楚，仅靠清丈田亩还远远不能彻底改变赋役不均和胥吏盘剥问题，不进一步改革赋税制度就无法保证中央财政收入的稳定增长，将会有更多的贫民倾家荡产，不利于社会的安定。赋役改革是一个十分棘手的事情，一旦过多触犯权宦土豪的利益，弄不好就会引起强烈的反对，使自己的所有心血前功尽弃。

当时，不少地区已在试行适应本地区的赋役改革方案，如应天府(今江苏南京)的“里甲银”，浙江、广东的“均平银”，福建的“纲银”，还有江南的“十段锦”，以及有些地区的“一条鞭法”等。

一条鞭法最早于嘉靖十年(1531年)二月，由南赣都御史陶谐在江西实行，取得了成绩。当时御史傅汉臣曾上疏说：“顷行一条鞭法。……通将一省丁粮，均派一省徭役。……则徭役公平，而无不均之叹矣。”此后王宗沐在江西，潘季驯在广东，庞尚鹏在浙江，海瑞在应天，王圻在山东曹县也都实行过一条鞭法。海瑞在应天府的江宁、上元两县“行一条鞭法，从此役无偏累，人始知有种田之利，而城中富室始肯买田，乡间贫民始不肯轻弃其田矣”，做到了“田不荒芜，人不逃窜，钱粮不拖欠”。

万历五年，山东东阿知县白栋推行一条鞭法，全县钱粮均按地丁起科。但由于这种做法触犯了官绅的利益，他们便制造浮言，户科部给事中光懋说：“至嘉靖末年，创立条鞭，不分人户贫富，一例摊派；……然其法在江南犹有称其便者，而最不便于江北。如近日东阿知县白栋行之山东，人心惊惶，欲弃地产以避之。请敕有司，赋仍三等，差由户丁，并将白栋纪过劣处。”幸亏张居正及时派人前往东阿巡察，才知道光懋歪曲事实。于是张居正拟旨答复：“法贵宜民，何分南北？各抚按悉心计议，因地所宜，听从民便，不许一例强行。白栋照旧策励供职。”又致书支持白栋的左都御史李世达：“条鞭之法，近旨已尽事理，其中言不便十之一二耳。法当宜民，政以人举。民苟宜之，何分南北。”

张居正认为一条鞭法不仅不应反对，而且可以“不分南北”，在全国普遍推广。万历九年，他终于下令，在全国范围内实行一条鞭法。用财有节。指出“天地生财，自有定数。取之有制，用之有节则裕；取之无制，用之无节则乏。”反对不顾人民的承受能力横征暴敛，“今国赋所出，仰给东南。然民力有限，应办无穷，而王朝之费又数十倍于国初之时，大官之供岁累巨万，中贵征索溪壑难盈，司农屡屡告乏”。张居正主张“固本安民”，不事聚敛。他强调“致理之道，莫要于安民。”“民本邦固，即有水旱盗贼敌国外侮之虞，而人心爱戴乎上，无土崩瓦解之势，则久安长治之术也。”为了做到固本安民，张居正反对赋税负担不均，官吏****舞弊，豪强兼并偷漏等现象和行为。他说“今风俗侈靡，官民（指富民）服舍俱无限制。外之豪强兼并，赋役不均，花分诡寄，恃顽不纳田粮，偏累小民；内之官府造作，侵欺冒破，奸徒罔利，有名无实，各衙门在官钱粮漫无稽查，假公济私，官吏滋弊。凡此皆耗财病民之大者。”他提出增加财政收入的措施是“理逋负所以是国也”，“清隐占则小民免包赔之累，而得守其本业；惩贪墨则间阎无剥削之扰，而得以安其田里”，即清理欠税，惩办****、清查隐田。这些思想应用于一条鞭法的改革实践中，取得了显著成效。张居正还主张农业和商业互为依存，互相促进，反对在财政困难时依靠重征商税来增加财政收入，认为只有减轻赋税征收才有利于农商发展。他说“古之为国者，使商通有无，农力本穑。商不得通有无以利农，则农病；农不得力本穑以资商，则商病。故商农之势常若权衡然，至于病，乃无以济也”；“余以为欲物力不屈，则莫若省征发以厚农而资商；欲民用不困，则莫若轻关市以厚商而利农。