和萨摩藩的贸易完成后，终究是要回归目前岛内局势，自中秋节后，势力大增的穿越者再度派人南下或北上抗疫，并带上了现代病毒培养相关的物资，这将大大加强牛痘疫苗的普及，万余人份额的牛痘疫苗（牛痘病毒），在现代物资的支持下，一个月内足以完成大规模的分离培养制取。

十月，天花大流行，北方淡水城人口少，少数感染天花的也是从新港城派过去的移民们，穿越者们丝毫无损，因此北方只需要运过去少量疫苗便可以解决，同时在元老院的决定下解除淡水城的封锁，开港通市。

而南方各县天花泛滥，牛痘疫苗只能优先供给各港口以及最严重的村落聚居地，但哪怕是有牛痘疫苗的情况下，死亡依旧不可避免，初期穿越者对南部的组织能力不够，各县实际情况未能完全掌握，等到一批又一批的痘师派出去后，元老院才完全掌握了南部各县移民们的真实情况，触目惊心。

已是收获的季节，有些天花未曾波及的地方村落早已封锁各村口，按照元老院指示，严防死守陌生人进入，同时各村皆全力组织青壮收割，而天花泛滥的村落，因元老院下令禁止人口流通，病人都转移至村落外建茅草屋将养，一时间稍微遏制些许，但终究损伤不少人力。

之后元老院下令，优先给先前从各港口招募的民兵们接种疫苗，再由驻防当地的穿越者营长带领下进入各村帮助收割，同各村的村长好说歹说后才让其明白这些人是来帮助抢收的，不是趁火打劫之人，同时按照村子里的人头数实发纸币至个人，想来只要疫情结束，新港城的威望必然不像之前那样只能影响各港口区域，将深入各县远离海边的村落。

此时的云林县北部彰化平原，地处台湾西海岸的中部，浊水溪以北，大安溪以南。东临大肚山台地与八卦山台地，与台南嘉东平原隔浊水溪相对。地块略呈三角形。南北长约68公里，北部宽约5公里，南部宽约34公里，面积约900平方公里。海拔不足100米。彰化平原的形状，近似一个等边三角形，平原坦荡，土壤肥沃，平原北部背靠地势险要的八卦山，面向沃野良田，把守着台中盆地的出口，成为南来北往的咽喉，是由台中盆地进入彰化平原的首经之地。

彰化平原北部靠海区域有一港口名为鹿港，因中部地区昔日多鹿，鹿港为鹿群经常聚集之地，从荷兰据台至清初，鹿群遍布，鹿皮的买卖为全台最盛之地，故当地汉人也有称此地为鹿仔港者。

而荷兰据台时期，荷兰人的视线只有台南的区域以及魍港等地，浑然不知鹿港的存在，而穿越者们必然不会犯此错误，自从南部各地设县后，元老院虽然未在此地设县，但还是是由云林县派人暂管，自接管此地后，当地汉人们倒是未有多少反抗情绪，只要不涉及根本利益，还有一口饭吃，底层人是不会想着反抗的，可有些人自己大鱼大肉却巴不得底层这些拖后腿的穷人都消失了才好，却不想想自己往上数几代也是从下面爬上来的，自己的吃喝也是靠下面的税收供给的。

鹿港一带，原来是平埔族巴布萨族的聚落所在地，平埔族的狩猎对象鹿和山猪为主，捕鹿也是岁末时最重要的部落活动之一。