玄奘法师从那烂陀寺出游，几乎行遍了五印诸国，历时四年后，才重回那烂陀寺，四年时间里，不仅沿途学习大小乘佛法，记录佛教历史典故，还详细考察了各地的民俗文化、宗教信仰和各宗教力量的对比。至此，玄奘写成了自高昌国以来的《大唐西域记》手稿十卷。

当玄奘回到那烂陀寺，参拜了戒贤法王后，又听说那烂陀寺西面有座低罗择迦寺，有个精于萨婆多部三藏及《声明》、《因明》的大德名般若跋陀罗，于是，玄奘又前去求学。从学两月后，玄奘又赶赴菩提迦耶附近的杖林山，拜会胜军居士，学习《唯识抉择论》、《意义理论》、《成无畏论》、《不住涅槃》、《十二因缘论》、《庄严经论》等，以及与胜军讨论瑜伽、因明等疑问。

胜军居士是苏剌陀国人，曾从贤爱论师学习《因明》，又从安慧菩萨学《声明》、《大小乘论》，又从戒贤学《瑜伽论》。胜军兼精通多种语言及四《吠陀》、天文、地理、医方、术数等，前摩揭陀国满胄王敬为至尊，欲立为国师，封二十大邑，胜军不受，之后戒日王又请为国师，封乌荼国八十大邑，胜军还是坚拒不受。胜军居士乐于山林自在，在杖林山养徒教授，宣讲佛学，常聚徒众数百。

一夜，玄奘在杖林山梦见那烂陀寺房院荒秽，一个僧人也没见，却有水牛在悠闲地吃着地上的野草。玄奘从幼日王院西门进入，见第四层楼上有一金人，相貌端严，光明遍照。玄奘满心欢喜，想上去时却怎么也上不去，于是伸手请金人引接，金人道：“心子！我是曼殊师利菩萨，你现在缘业未了，还不是来的时候。”接着，指向寺外道：“你往那边看。”玄奘看处，只见寺外战火纷飞，围绕那烂陀寺的村邑瞬间化为灰烬。曼殊师利菩萨道：“你要准备回国了，这里十年之内，戒日王驾崩，邪恶的王将扰乱天竺，众生将沦入无休止的战火之中，这些变数你是应该知道的。”说完就不见了。玄奘醒后，与胜军上师说起梦境，胜军也不胜唏嘘：“三界无安，这也是众生的业力所至啊！既然菩萨劝归，仁者也应该早做准备了。”

于是，玄奘辞别胜军上师，起程返回那烂陀寺。

贞观十四年（公元640年）秋，玄奘又回到那烂陀寺，将游历五印诸国所得的数十部大小乘经典呈示戒贤，向戒贤法王禀明取三藏真经回国之意。戒贤法王也正为佛教在印度即将面临的教难担忧，一听到玄奘要取经回东土的请求后，便激动得老泪纵横：“善哉！玄奘！你不仅求学慈氏学说，还要遍请一切大小乘各部派的经典，能有这样广阔的胸襟非常之好！老衲将全力支持你！”

戒贤法王即传法旨，令看守藏经阁的法师带玄奘去取经。

圣那烂陀寺的藏经阁由三座各九层的宝阁组成，是娑婆世界佛教经典最集中之圣地，为胜乐金刚的忿怒尊四臂大黑天等护法金刚守护着。三宝阁分别是宝海阁、宝洋阁和宝彩阁。三幢宝阁藏着历次结集的三藏经典；其中宝彩阁藏着包括婆罗门经典在内的一切人天乘、声闻缘觉乘经典；宝海阁藏着一切大乘般若、中观、瑜伽、唯识学经典；宝洋阁藏着一切金刚密续经典。所有经函都放在宝箧之中，然后分门别类，存放在各层宝柜内。

在那烂陀寺刚兴建好之时，帝日王广设无遮法会，使摩揭陀国原来崇信外道的俗人也皈依正道，因而经常受到一些外道师的滋扰。有一次，那烂陀寺受到两个外道的攻击，两个外道修持火光三昧成就，他们来到那烂陀寺门外叫嚣，念动猛厉咒语，修忿怒火供。外道两手捶胸，双目射出邪恶的火焰，把那烂陀寺燃成一片火海。

这时，从宝洋阁第九重宝阁的某部密续经函（《胜乐金刚经》）中，源源不断地涌出大水，大火因此而熄灭。而保存了宝洋阁的全部经典和宝海阁、宝彩阁的部份经典。此后经过历代僧众的补充，现在藏经阁所藏的三藏经典数量为历年之最。

这一日，那烂陀寺钟鼓齐呜，玄奘法师分别绕宝阁七匝，然后进入宝洋阁内。宝洋阁内就是一座金刚界大曼陀罗，玄奘法师进入大曼陀罗，献上锦兰袈裟和紫金钵，念动祈请文，求取三藏真经。

锦兰袈裟和紫金钵刹那间化为虹光，整个金刚界大曼陀罗放出大光明，藏经阁内各层宝柜的门自动打开。玄奘法师启谢后，即从宝柜中取出装着经函的宝箧。其中金刚乘无上密部经典五十部、大乘经论三百八十部、声闻缘觉乘经论一百六十部、因明论三十部、声明论十部。

戒贤法王吩咐觉贤法师带领二十名精通三藏的班智达负责抄写经文，而戒贤和玄奘则亲任校对。

在抄写经文的同时，玄奘应戒贤三藏的嘱托，为僧众开讲《摄大乘论》和《唯识抉择论》。