靠近江阴城时，已近四更时分。但见清军营帐层层叠叠，连绵数里，除了巡逻的清兵在营中走动，营内悄无声息。阎应元带领众人来到清军大营边缘，选了处没有灯火的角落，在壕沟上铺了木板，扒开栅栏，打开一处缺口。

众人进入清军营盘后，取下火把灯笼，扔到帐篷上。须臾，清军大营里火光四起，浓烟弥漫，鸣锣报警声随即响起。清兵们衣衫不整地冲出营帐，惊慌失措地向没有火光处跑去。

阎应元手持长竹竿在前，带领众人排成战斗队形，如同疾风暴雨般向军营内杀去。众人借着马的冲力，用竹竿横扫清兵，所过之处一片狼藉。清兵们不清楚来了多少人马，胆战心惊，没命地逃跑。有些拿刀的清兵迎上前，挥刀削断竹竿头，可是竹竿力道不减，仍能刺中清兵。

众人打马飞驰，如同风卷残云般掠过清军营盘，杀开一条血路，迅速奔驰到城墙下。陈明遇在城上见到清军大营混乱，猜想阎应元到来，亲领一队人马出城，扎住阵脚，接应众人进入城中。

入城后，陈明遇端来一碗酒，激动地说道：“阎兄不畏艰险来到江阴，我代表全城父老感谢您！”阎应元接过酒碗，一饮而尽，慷慨地说道：“陈兄，在此国难民危之际，让我们共同担起拯救江阴的重任。”接着详细询问城中情况。

待陈明遇讲罢，阎应元当仁不让地接过兵符，连夜调兵遣将，安排人员清点人口和物资，颁布军规，清查奸细和意志动摇者，放出邵康公等蒙冤入狱的官兵。又挑选精壮男丁，得兵四万余人。城中防守力量加强，民心振奋，士气旺盛。

七月初十日，江阴城墙上高高竖起“大明中兴”旗号。阎应元祭旗发令，派武举人王公略负责防守东门，汪把总负责防守南门，陈明遇负责防守西门，阎应元自守北门，并和陈明遇总督四门，昼夜巡查。北门的城防设施最薄弱，黄毓祺、葛明帮助阎应元防守。

阎应元安排义军士兵分班上城，每个城垛十名，按时换班，并配备了火器。义军对城中过往行人严加盘查，肃清内奸，消除隐患。为了解决军械粮饷供应，阎应元与绅士商议后，委任训导冯厚敦负责管理财物，将城内公私物资分类征集，统一调配使用。在阎应元的指挥下，人尽其才，物尽其用，城中调度皆井然有序。

阎应元调集瓦石匠修理城墙，建造防御工事。又调集工匠加工修理武器，造出木铳、火球、火砖，内装火药，将其点燃投下，即可烧杀敌人；造出弓弩，用足踏上弦，瞄准后发射，命中率甚高；又造出毒箭、炮子及火药等武器。

冯厚敦领人把征集到的物资集中存放，并列出清单，送交阎应元审阅。阎应元阅毕，赞道：“冯训导收集物资器械甚多，并且所列帐目清楚明白，真是个好总管啊！”

冯厚敦急切地说道：“城中还缺少箭矢，这可怎么办？”阎应元对黄毓祺说道：“黄先生可有何办法筹集箭矢？”黄毓祺道：“前些时日，清狗向城中射箭时，义军士兵们拿锅盖遮蔽，用手接箭，日可得羽箭三四百枝。”阎应元摇头道：“如此取箭，实乃杯水车薪。”

葛明猛然想起清军攻打孙受寨之时，戚玉想出草人取箭计策，急忙说道：“阎典史，我军可仿效诸葛亮草船借箭之计，做草人引诱清虏射箭。”阎应元鼓掌道：“我正有此意，今夜即用此计。”

当夜，月黑风高，伸手不见五指。义军士兵们捆扎稻草人，外披义军服装，放置于城墙上。在稻草人旁边放着长矛，竖起竹竿，上面挂着灯笼。士兵们隐藏在城墙后，敲锣打鼓，大声呐喊，还不时向清军营盘发射火铳。