不过其后就发生了阿睦尔撒纳之乱，这人原本是清军平定准噶尔时的定边左副将军，在平定完叛乱之后，清军主力回撤。而阿睦尔撒纳因为觊觎准噶尔汗国汗位，于是在赴热河的过程中叛逃，后来与一帮人攻占了伊利，只是很快就被平定。走投无路的他只得向西逃往哈萨克汗国，也就是我们说的哈萨克斯坦，不过因为与那里的汗王闹翻，又被迫跑到了俄罗斯，结果没多久就死于出痘。

只是他这一闹不要紧，大小和卓兄弟中的小和卓霍集占开始动起了自立为王的心思，而大和卓波罗尼都比较安分守己，不过后来被自己的兄弟牵连，也不得不走上了反清造反的道路。

因为这个地方从阿帕克和卓家族来了之后，一直战乱不断，人心扭曲，墙头草都成了习惯。因此当清朝大军陆续开到，虽然经历了一些波折，但是大小和卓的实力毕竟还比不得此时的大清，所以叛乱没有持续多久，就被消灭了。而大小和卓一看大势已去，于是携家带口，在搜刮一些财物后，开始会和西逃

他们选择的目的地有两个，一个是浩罕汗国，一个是巴达克山。前者是中亚强国，不过去信之后，对方没有回应。而后者位于后世阿富汗境内，最后成了唯一的选择。而大小和卓只是在这里中转，休整后前往痕都斯坦（克什米尔南部和巴基斯坦北部）。此时大清实力还很强大，传檄于中亚诸汗国，通缉二人。巴达克山地区的部落也不敢招惹天朝，后来为了不给自己惹麻烦，把他们杀了。

因为此二人毕竟是伊斯兰教先知的后代，所以部落里的阿訇反对将二人的尸体献出，甚至威胁部落族长要去麦加圣地告状，不过这也改变不了大清一绝后患的决心。

小和卓霍集占没有儿子，而大和卓波罗尼都的儿子被接回了大清，不过清廷没有为难他们，送回běi jīng，编入正白旗。

问题是波罗尼都还有一个儿子，名叫萨木萨克，本来准备也是如这么办，但是后来发现这人被调包，萨木萨克本人受到惊吓，逃到了珲都斯（后世阿富汗的昆都士）。后来被浩罕汗国控制，清廷虽然几次规劝其回国，但是都没成功。

英国人曾经策划帮他复国，不过萨木萨克在1820年死了，其子张格尔接过了他的未竟事业，在浩罕汗国的帮助下，又闹了一出张格尔之乱，只是同样以失败告终，张格尔成了俘虏。

而我们前文说到的阿古柏，此人就是浩罕汗国派出来到反清分子，目的是要扶持张格尔之子布素鲁克，谋夺xīn jiāng。没想到偷鸡不成蚀把米，布哈拉汗国趁此机会却把浩罕汗国给灭了。