但乌迪西安最终识破了莉莉丝的阴谋，于是他开始与莉莉丝和艾纳利尤斯控制的两只邪教为敌，经过艰苦的战斗，人类胜利了，艾纳利尤斯被捕获。

就在这个人类力量最为薄弱的关头，早已瞄准好这个世界的天使与恶魔的军团开始入侵这个世界。

绝望之际，人类英雄乌迪西安牺牲自己释放了全部潜力，用绳命将天使与恶魔的两位统帅，泰瑞尔以及墨菲斯托流放回了天堂与地狱。

他的自我牺牲让负责此次进攻的天使统帅泰瑞尔大为感动。

正义天使从此成为了人类的朋友，于是高阶天堂再度投票决定人类的命运，这一次泰瑞尔站在了人类这边，投票三比二，从此天使不再与人类为敌。

在泰瑞尔的运作下，墨菲斯托也同意收兵，不过他的条件是艾纳利尤斯随他处置，这家伙不止啪啪了人家的女儿，还胆肥的侮辱过墨菲斯托，墨菲斯托告诉人类，只要把艾纳利尤斯交给他，恶魔从此就放任避难所不管。

人类当然同意了，反正他们留着艾纳利尤斯也没用，这个可怜的家伙从此成为了墨菲斯托的玩具，每日菊花绚烂，生不如死。

事情大致就是这样，整个故事充斥着满满的个人英雄主义，人类从此在避难所里繁衍生息，渐渐变成了现在的格局。

那之后，三魔神表面上不在插手避难所的事情，但其实他们很看好人类的力量，或者说奈非天的力量，认为那是影响恶魔与天使天平的至关重要的砝码。

然后他们自导自演了一场闹剧，让天使们以为他们被四魔王背叛并且被流放了，他们开始在人间传播恐惧，这时候恰巧泰瑞尔在人间观察人类，他发现了三魔神的阴谋，于是他从世界石上敲出三个碎片，制造了灵魂水晶，并释放了赫拉迪姆氏族中的几位奈非天的力量，在他们的帮助下战胜并且禁锢了三魔神的灵魂。

其中大菠萝的灵魂水晶就被安放在鲁高因西面的高山上，赫拉迪姆人在这里建造了一座修道院，用来镇压这个魔神，巴尔的灵魂水晶由于一个失误破碎了，赫拉迪姆族长塔拉夏牺牲自己的身体成为了巴尔的牢笼，墨菲斯托则是被囚禁在库拉斯特附近。

然后在许多年后，这个修道院的使命都被人遗忘了，高山西面的平原上，李奥瑞克王带着他的骑士和牧师以萨卡兰姆教的名义称王，但其实这个圣光宗教已经被墨菲斯托入侵，墨菲斯托命令一个大主教协助李奥瑞克称王，其实是为了释放自己的兄弟迪亚波罗。

最终迪亚波罗在那个大主教的帮助下成功进入了李奥瑞克的身体，李奥瑞克的意志被扭曲并且疯掉，他开始荼毒自己的人民，并且让恶魔入侵了自己的城市崔斯特瑞姆。

大王子艾丹战胜了恶魔，并且击败了自己的父亲，但他太过自大，以至于认为自己可以凭借精神力压制住大菠萝的灵魂，所以把大菠萝的灵魂水晶插在了自己脑袋上，然而他最终还是被大菠萝控制了。

于是短暂的和平之后，恶魔再一次摧残了崔斯特瑞姆，被大菠萝控制的王子艾丹（黑暗流浪者）在镇压大菠萝的修道院里让安达利尔降临了这个世界，然后翻过高山向东走向了那片沙漠，他要救出巴尔。

暗黑2的剧情就此展开。

值得一提的是，莉亚就是这段时间，被控制的王子艾丹和爱德莉亚所生，跟魔兽世界的守护者麦迪文一个套路，所以暗黑3里，莉亚就成为了大菠萝复活的又一个容器。

囚禁着大菠萝的赫拉迪姆修道院后来换了个主人，盲眼姐妹会接手了这里，她们称自己为罗格，一群强大的弓箭手，虽然弓箭不如亚马逊玩的溜，但由于她们会一种名为“心眼”的能力，射杀水平不同凡响，她们中的一位修女被黑暗流浪者（艾丹）折磨，然后变成了安达利尔的容器，大部分罗格惨死于恶魔之手，只有阿卡拉带着一部分人逃到了西部平原上，在那里建立了罗格营地开始恶魔对抗。

在原本的历史中，应该有几位奈非天路过此地，他们会帮助阿卡拉对抗恶魔，最终战胜安达利尔，之后他们会追寻黑暗流浪者的脚步一步一步给他擦屁股，等到了亚瑞特山与巴尔决战的时候，七位不同职业的奈非天汇集在一起，他们会击败巴尔，但由于巴尔已经污染了世界石，泰瑞尔不得不炸掉世界石，与巴尔同归于尽。

后来，获胜的英雄们因为在战斗中受了重伤，一个个该死的死，该隐居的隐居，只有血厚的野蛮人平安过度到了暗黑3的故事里。

可是这些奈非天的离去并没有导致人类力量的虚弱，没有了世界石的禁锢，更多奈非天重新得到了自己的力量……