贺人龙与左良玉在玛瑙山把贼兵打得大败，贺人龙斩获了一千三百多首级，降服了二十五名贼将。罗汝才、登相进犯开县，总兵郑嘉栋在仙寿岭攻击他们，贺人龙在马弱溪向他们进攻，一共斩下首级一千二百个。罗汝才、登相分别向东、西两个方向逃跑，官兵追他们没能追上。当时，贼寇全都聚集在四川境内，监军万元吉命令四川的将领守定巴山、巫山等关隘，贺人龙、国奇及湖北的将领张应元、汪云龙、张奏凯专门负责追击。等应元的部队进入夔州，在土地岭扎下营寨后，贺人龙逗留不前，各路部队因此大败，贺人龙竟然回陕西去了。后来，献忠、汝才打下剑州，直奔广元，即将从小路逃进汉中，贺人龙在阳平、百丈两座关口加以抗击，贼寇才撤退。杨嗣昌到达重庆，多次传令贺人龙来会师，贺人龙都不去。

当初，杨嗣昌讨厌左良玉，许下诺言让贺人龙接替良玉当平贼将军，等到玛瑙山大战以后，良玉的战功排在第一，杨嗣昌告诉贺人龙要暂时等一等。贺人龙大失所望，就仿效良玉的样子，不接受管制，杨嗣昌也没法管住他。贼寇打下泸州后北走，贺人龙驻扎在小市厢，只隔一条河也不向贼寇进攻，贼寇于是越过成都逃到了汉州德阳，贺人龙的部队大吵大闹地撤回去了。

杨嗣昌死后，丁启睿接任，传令贺人龙、国奇从当阳出兵，在灵宝山中打败了自成，贺人龙的儿子贺大明阵亡。总督傅宗龙统率贺人龙、国奇的部队开出潼关，驻扎在新蔡，在孟家庄遇上了贼兵，即将开战时，贺人龙抢先逃跑了，国奇交战后不能得胜，也逃跑了，傅宗龙于是就牺牲了。

总督汪乔年开出潼关进攻贼兵，人龙及郑嘉栋、牛成虎跟随着，到襄城遇上贼兵，贺人龙又不战而逃，导致乔年阵亡。崇祯皇帝极为恼火，想杀掉贺人龙，又担心他会反叛，姑且把他剥夺官职，让他戴罪立功。等孙传庭将到陕西领兵时，崇祯帝告诉了他的意思，贺人龙驻扎在咸阳，因为担心大祸来临，所以白天、晚上都严加防范。孙传庭因为贺人龙家住米脂，他的家族中很多人在贼寇那边，对他不可轻举妄动，所以在赴任的路上假心假意地上书说：“贺人龙是我的旧将，希望饶了他的罪过，让他跟着我立功自赎。”崇祯帝也假心假意地答应了，贺人龙因此稍微感到放心一些了。

孙传庭到陕西后，与巡抚张尔忠秘密商定，召贺人龙来商量事情，列举他的罪过，把他斩了。贺人龙的部将周国卿，率领二百名精兵跟自己的同伙魏大亨、贺国贤、高进库等人打算逃回泾阳搬取妻子、儿女，跟贼寇一起作乱。张尔忠派参将孙守法先去泾阳，扣押了他们的妻子、儿女，周国卿无奈，打算杀掉魏大亨等人去投降，张尔忠把这个消息暗中告知魏大亨，魏大亨就杀了周国卿，把他的人头装在匣子里送了过来。贺人龙的其他部将高杰、高汝利、贺勇、董学礼等十四个人都仍旧担任原来的官职，整个部队才算稳定下来了。

贺人龙被杀后，农民起义军酌酒相庆：“贺疯子死，取关中如拾芥矣！”有学者借此认定，崇祯的多疑、擅杀，无异于自毁长城，但明末将领多难以节制，前有左良玉，后有郑崇俭，亦不得不为。