第二次变法：咸阳位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前350年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法。

第二次变法主要内容有：

废除贵族的井田制，“开阡陌封疆”，废除奴隶制土地国有制，实行土地私有制，国家承认土地私有，许自由买卖。

普遍推行县制，设置县一级官僚机构；“集小都乡邑聚为县”，以县为地方行政单位，废除分封制，“凡三十一县”，县设县令以主县政，设县丞以辅佐县令，设县尉以掌管军事。县下辖若干都、乡、邑、聚。

迁都咸阳，修建宫；

统一度量衡制，颁布度量衡的标准器；

编订户口，五家为伍，十家为什，规定居民要登记各人户籍，开始按户按人口征收军赋；

革除残留的戎狄风俗，止父子、兄弟同室居住，推行小家庭政策。规定凡一户之中有两个以上儿子到立户年龄而不分居的，加倍征收户口税。这是对第一次变法中“异子之科”法令的补充，也是对社会风俗的规范。

商鞅变法对此后秦国以及秦代的影响是十分深远的。

云梦出土的《秦律》就是在这个变法的基础上修订、补充、累积而成。《秦律》也多处讲到连坐法，例如户籍登记有隐匿或不实，不但乡官要受罚，同“伍”的也要每户罚一盾，“皆迁之”。《秦律》也把镇压“盗贼”放在首要地位，并对轻罪用重刑。例如盗取一钱到二百二十钱的要“迁之”，盗取二百二十钱以上和六百六十钱以上要分别罚作刑徒，盗牛者要罚作刑徒，盗羊或猪的也有相当的惩处，甚至偷采别人桑叶不满一钱的也要“赀徭三旬”。对五人以上的“群盗”则追捕处罚更严。同时《秦律》还有许多对各种逃亡者追捕处罚的规定。

商鞅变法中轻视教化，鼓吹轻罪重罚，商鞅执法严酷，曾在渭河边一处决囚犯七百人，河水因此变红，号哭之声惊天动地。商鞅严格执法、滥用酷刑的行为招致普遍的怨恨，汉昭帝时的贤良也认为商鞅的严酷刑法是造成秦朝快速灭亡的重要原因，《旧唐书》甚至将商鞅称为酷吏。

立场很重要。残不残暴要看对于谁来说。在哪个王侯将相有种的年代，对于刑不上大夫礼不下庶人拥有法外特权的贵族来说秦法当然是相当的残暴的。对于普通平民来说秦法又算是一种就当时来说最公平的法律了。要不然秦国不但没有因为这个所谓的“残暴”的法律灭亡反而在变法后一百多年逐渐由弱小走向强大。

但是，在商鞅变法中轻视教化，鼓吹轻罪重罚，在一定程度上加重了广大人民所受的剥削与压迫，在一定程度上给广大人民带来巨大的痛苦；并未与旧的制度、文化、习俗彻底划清界限。

“内行刀锯，外用甲兵”、迷信暴力而轻视教化等思想，也有其明显的历史局限。

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