解放前，清华大学是一所文科很强的综合性大学。到解放初期，经过全国院系调整，清华大学变成了多科性的工科大学，号称“红色工程师的摇篮”。文化大革命之后，随着社会对人才培养需要的变化，清华大学又逐渐恢复成综合大学，文科又发展起来。

1978年，清华大学提出“理工结合，文理渗透”的发展战略，陆续增加理科、文科、管理学科的院系。这一年，王耀山被提任为政治经济学教研组党支部书记和马列主义教研室党总支委员。1984年2月，在马列主义教研室的基础上，清华大学成立了社会科学系。王耀山被任命为系党委副书记，第二年任系党委书记。

1985年开始，王耀山又连续三届被选为校党委委员（清华大学第七届校纪委委员，第八、九届校党委委员）。

上世纪八十年代初，清华大学提出争取到2011年建校一百年之际，跻身世界一流大学行列的目标，从而加速了清华大学文科的发展。1993年12月，在社会科学系的基础上，与外语系、中文系等合并成立“清华大学人文社会科学学院”，国家社会科学院副院长腾藤教授担任院长，王耀山担任第一届学院党委书记兼副院长，直到1995年退休。

古代，杜甫曾说“人生七十古来稀”。但对王耀山而言，则应该是“人生九十古来稀，而今百岁亦可期”。退休后的王耀山，在思想上和工作上都没有退休。他继续发挥余热，续写人生的第二个春天，不但被单位返聘，继续在三尺讲台上传播知识，还在“中国西部发展研究会”、“清华大学成人教育学院夜大学部”、“清华大学继续教育学院远程部”工作。

作为清华大学一名优秀的教师和管理者，王耀山一直是双肩挑干部，他尽了一个党员教师的职责，得到了领导和学校的肯定。1981年，他被评为清华大学“校先进工作者”，1995年起，享受国务院“政府特殊津贴”。2003年，被清华大学人文学院评为“先进共产党员”，2001年和2007年两度被清华大学离退休处评为“老友所为”先进个人。

回顾人生，王耀山说：“我走过的路，正好印证了彭真同志的话——一个共产党员要服从党的需要，在党的事业发展中成长自己。”