平卫之战是小山宗书第三次也是最后一次率领少僧兵剿灭倭寇，4月26日，他命60僧兵中一由弟子月满带领继续留在福建境内，并帮助戚继率领的戚家军抗击倭寇，小山宗书自己率领另一僧兵离开福建，返少寺，从此小山宗书永远离开了抗倭战场和他的明军战友。

小山宗书率领30僧兵离开后，4月25日，由于松浦平准和双剑谭率领6000多倭兵已经逃到了福、漳州等地区，戚继就命令戚家军主帅副将兼水军总挥沈舟率领1500人返新河城把160多艘战船中除留下10艘在当地，其余150多艘全部和福建水师的水兵5000人，以及福建水师的200多艘战船一起于30日开到福建的福、漳州、兴化、仙游（福建莆田市仙游县）等地附，防止日本、广东等地的倭寇援军在这些地方登陆解救这支6000多人的倭军。

5月间，因为戚家军这是第二次远离家乡，到福建境内抗击倭寇，而戚家军的兵力有12800多人都在福建，所以时间一长这些将士就开始念家乡的亲人。于是戚继就把戚家军分成两，一家探亲，另一就留在福建，一轮流另一，让将士们轮流浙江探望亲人。

由于戚继和谭纶在挥剿灭松浦平准、双剑谭率领的6000倭军时，还要派军队去剿灭其他倭寇军队，所以在10月松浦平准和双剑谭率领的倭军戚继和谭纶等人率领的军队得只剩下3000多人。

10月底，倭寇将领井上川率领27000多倭寇水兵乘坐90艘战船从日本平户出发。11月初，井上川挥水兵们成功消灭了戚继置在兴化、福宁等地的水军，然后倭寇们分在这些地方登上岸后就去攻仙游（福建莆田市仙游县）、漳州等地区，福建历上最大的一次大规模倭寇入侵就这样爆发了。