遭受此次重挫的蒙军只好后撤。

而城中的守军、百姓则因为取得重大胜利，而令守城的信心大增，就这样，战斗持续了七个月，“玉龙赤杰”仍然没被攻下。

而蒙古军遭到西征以来的最大一次挫折，而且伤亡惨重。

蒙古军被花剌子模人杀死了许许多多，据说尸骨堆积如山，至今还堆在“花剌子模”旧城四郊。

元代的历史学者分析，造成这一情况的原因，系除了遭到城中守军、居民的顽强抵抗外，蒙军本身也存在着重大军事行动导向问题。

蒙军三个主将，术赤、察合台、窝阔台，没有明确谁系最高负责人，并且“术赤”和“察合台”二人在攻城具体指挥上，意见不和，这导致蒙军各部得到的军令不一，指挥时一片混乱。

特别是初期的进攻不顺，两王子更是互相指责对方，相互的推卸责任，所以进攻始终不能取得重大进展。

诸王子此刻损兵折将，伤亡巨大，没有办法，只好派人去见“成吉思汗”，向他报告“玉龙赤杰”目前的战况。

从“玉龙赤杰”来的使者，飞马向兴都库什山的八鲁湾行宫，成吉思汗报告：“花剌子模攻不下来，蒙古军死亡甚众，其部分原因是术赤和察合台意见不和”。

听到这一情况的成吉思汗顿时大怒，他去信训斥了自己的诸子，并命令“窝阔台”担任全军统帅，统一指挥他的两个兄长。

“窝阔台”于是受命指挥全军，巧妙的协调了同两个兄长的关系，把各军的事务作合理的安排，加强了军中对扎撒（蒙古法令的称呼）的执行。

于是“玉龙赤杰”城下的，残余数万蒙古军，重新团结为一个整体，开始准备做最后的猛攻。

此刻损失了一半战力，事实比之前的实力更是大减的蒙古军团，得到了统一的部署和调整。

齐心协力、军令统一的蒙古军迅速的压倒了城中的守军，他们在重新进攻的第一天就再次突破了城墙，冲入了城内。

蒙古在弓弩，投石机等火力的掩护下，一个据点接一个据点，一条小巷接一条小巷的有次序的进攻，将每所攻下来的建筑都加以拆毁并焚烧。

此刻城中的居民为了家园和生命也坚持战斗，节节防御，连老人、妇女、儿童也都投入了战斗。

最终能征惯战的力量还是压倒了一切，经过七天七夜的争夺，全部的守军和居民，被蒙古军团压缩包围在三个最后的居民区中。

城市的完全陷落已经只是时间上的问题了。

对于玉龙杰赤惨烈的战况，当时远在兴都库什山、八鲁湾行宫的铁木真是不了解的。

他只是以为这花刺子模桀骜不驯，不这样强势打压是不可能解决后期的通商问题的。

过重的杀戮，事实也导致看过了战场的铁木真清醒了过来。

正是像玉龙杰赤军民这样，旷日持久的强烈反抗，致使蒙古军死伤无视，战力顿挫

此前有着无数野蛮的草原屠夫，被抵抗血腥征服的各民所刺杀，使得最终的蒙古征服者，不得不自觉改变“遇城则屠”、“见人即杀”的野蛮政策，改杀戮为招抚，相对的减轻了征服战所带来的巨大破坏。