随着福建省光复之后，同盟军威名远扬，同盟会的活动也越发蓬勃，天下大势的演变越发偏离了高旭所熟悉的那段南明历史。
在整个北方，基本上处于满清的控制区内，但是由于清军在吴淞与福州两役的战败，损失了数以万计的满清旗兵，使得清军的兵力越发的捉襟见肘起来。再加上同盟会活动在满清控制区的渗透，各地的举义活动此起彼伏，使得本已连年兵祸下的北方诸省越发的残破不堪。
由于江南钱粮最充足的常、苏、松三府被同盟军“虎口夺食”，漕运被截，江浙两地的钱粮无上北上，满清朝廷的财政几近破产，粮食基本上只靠着湖广支撑。要不是永历政权无能，偌大的湖广得而复失，清军可能空着肚子打仗。所谓江南不定，无以定天下，满清深刻体会到这一点。
长江以南，只有湖广、江西全省，以及江苏的南京，还有浙江的杭州，这些主要城市还在满清的控制之下，其余诸省中，四川成都已被张献忠所屠，在年底准备领兵北上，企图出川回陕西老家发展。云贵及广西在永历政权的控制之下，广东在绍武政权的控制之下，福建省已成为同盟会的第一个省级光复区。浙江杭州在绿营参将张存仁控制下，自守有余进取不足，虽然击破了绍兴的鲁王政权，致使鲁王逃到舟山避祸，但杭州清军兵力空虚，张存仁担心镇守嘉兴的李元胤部趁虚而入，只得固守杭州，这使得鲁王在张名振、张煌言这些浙东将领的拥护下又有卷土重来之势。
在江南战场上，镇守常州的阎应元再次成为老对手博洛的恶梦，常州之战连续大半年，博洛寸土未得，而且已近冬季，江南的天花又有流行之势，满兵得了天花至死至残的不计其数。苏、松腹地是天花疫区，博洛想派兵sāo扰也有心无力，再加上粮食不足，博洛只得退守丹阳、镇江一线，据一陆一水两城拱卫南京安全，抵御在陆上徐玉扬铁一镇、长江上史必达同盟水师的两路sāo扰。
天花，已成为阎应元手中最为犀利的生化武器。牛痘疫苗是高氏工坊的绝密，同盟军的将士人人都种过牛痘。在常州、苏州、松江、嘉兴四府府组成的长三角光复区内，每个县镇都有以种痘所为主的防疫站。而在满清控制区却没有天花防疫体系，满兵来到江南本本就水土不服，加上恐痘如虎，更是战力大降。/黑衣卫头子邬含蓄甚至把天花大量传播到南京城，使得驻扎在南京城内的满清兵出现恐慌，惶惶不可终rì。虽然大明对于天花早就有旧式的人痘疗法，但比起效用来，哪里及得上同盟军的牛痘疫苗。
只不过一年多时间，满清在江南的战略上由进攻转入防守，盘踞在江南的同盟军成为满清真正的心腹之患，就算是老谋深算的洪承畴坐镇南京也是束手无策，至于济尔哈朗也早失雄心，盼着北返休整。
同盟军在江南拖住了满清的主力，驻扎江西的绿营参将金声桓从福建败归之后，只是盘居在南昌、九江等地，深恐福建的旭卫镇从赣东挺进江西。幸好高旭初入闽海，福建局势没有稳定，也没有余力扩大战果。
在湖广，镇守湖北的孔有德部在八月底奉命开赴江南战场之后，清军在湖北兵力空虚，但湖广总督何腾蛟庸碌无为，永历帝也毫无进取之心，反而在清军重兵离开湖广之后，不敢挥军北上，收复失地，反而再一次掉转枪头开始征讨广东的绍武政权。
十月初，永历帝命大学士瞿式耜督领大顺军忠贞营高一功部挥兵向东，从梧州出发，兵锋直指肇庆。绍武帝闻讯，亦命广东总兵林察集结重兵，从广州出发迎战。中旬，两军会战于肇庆。永历军的主力高一功部是大顺军余部，南征北战多年，颇有战力，绍武军不敌其锋，广东总兵林察退回广州城坚守。
因永历朝廷没有钱粮，在肇庆取得大捷的高一功居功自傲，不听大学士瞿式耜劝说，下令部队因地就粮，纵兵在广州外抢掠无度，使得永历军在广东民心尽失。
十月底，忠于绍武帝的隆武遗臣朱继祚，以及南澳总兵陈豹领兵勤王。林察与陈豹原本都出于郑氏，都是郑芝龙的部属，林察有难，唇亡齿寒，陈豹顾不得他在南澳的基业，领兵驰援。幸好同盟军驻扎在厦门的闽海舰队赵天武部，在高旭的嘱意下按兵不动，没有趁火打劫，趁机出兵南澳岛。
陈豹从水路出发，突袭广州城下全无防备的高一功，与城内的林察部里应外合，竟然大败永历军。高一功只得退回肇庆固守。
就在两广的永历与绍武政权为了大明帝统同室cāo戈的时候，高旭的南海战略悄悄拉开序幕。
在十月底，周福生在南海总督这个大画饼的诱惑下，领着一支海盗人马悄然登陆海南岛，并突袭占据了琼州城。消息传到广州，绍武帝自然大为震怒，他的地盘本来只有广东一省，失去整整一个琼州府他也伤不起，但畏惧于高氏的威势，又加上在永历军的进攻下差得自身难保，绍武帝对于琼州府的收复也只是有心无力。
当然，对同盟军的谴责是必须的。不光是绍武朝廷，还是永历朝廷，都派使者去福州，当着同盟会福州行政院院理长刘中藻的面，指责同盟军窃取琼州的行为。
得到高旭授意的刘中藻只有苦笑着辩称，侵占琼州城的是南海某一海盗团伙所为，绝非同盟军的行动。为了表明同盟军的清白，同盟军将会派一支人马为朝廷收复琼州岛。
永历、绍武两朝廷的使者同时大骂无耻，先派一支海盗窃据了琼州城，然后光明正大地派兵收复，谁不知高氏本来就是最大的海盗家族。这虽然只是掩耳盗铃的行动，但形势比人强，无论是永历朝廷，还是绍武朝廷只得忍气吞声。
当听到刘中藻说会派一支人马为朝廷收复琼州岛，两朝使者顿时追问，究竟是为了哪一个“朝廷”收复时，刘中藻只是笑而不语。
刘中藻知道，高旭为了游离在体制之外发展，甚至不惜以宪历纪元，自然不会明面上拥立哪一个南明朝廷。由着两个南明政权在两广并存争立，才有左右逢源的机会。