当第一镇与第三镇开出崇明之后，高旭没有让同盟军训练营空置下来，而是把新募的八个预备营组成的两个预备镇，开进训练营，让教导队进行新一批的军人养成训练。当然，这些预备营新兵基本上是没有上个战场的菜鸟，但其中的基层军官几乎都是第一镇与第三镇的老兵。由于同盟会运动的热潮，以及高旭最大限度地对民意的煽动，这些新兵都抱着驱逐鞑虏，恢复中华的崇高使命来参军，其迸发出来的战斗力也是不可小视。

所谓练兵先练将，高旭对于同盟军的军官建设历来不敢掉以轻心。白天所有的军官要与士兵们一起参加艰苦的体能与队列训练，到了晚上，队长以上的军官还要参习讲武堂性质的学习班，除了以戚继光的《练兵纪要》为主要教材的军事纲要培训，还要灌输以同盟会纲领为核心的思想教育。

在九月份，以同盟广场为核心的同盟会总部的基础工程仍然在如火如荼之中建设着。他借着同盟广场的人气，规划出商坊区与住宅区，靠买地皮从江南联合商会圈来了大笔资金，这些资金大部分用于从澳门购买西方火器，从广东佛山这个冶铁中心定购头盔、胸甲、冷兵器之类的军需品，其余全部投入同盟会总部的建设，可谓是不惜工本。到了九月底，同盟会总部已经初具规模。

对于时人来说，将来竣工的同盟会总部大楼的建筑风格极为与众不同。同盟会总部并没有那些江南园林的雕梁画栋，所有墙面以砖石砌成，并且刷成藏青色，窗户一律用高氏工坊出品的玻璃窗。同盟会总部呈五边形布局，分为五个区，在高旭的计划之中，这个五个区将来是同盟会五司的办公区，总部的中央区则是同盟会的最高机构参议堂。五司区是二楼的砖瓦房，而中央区的参议堂则有三楼，最高的第三楼将为是高旭的会长室。在高旭的规划下，整个同盟会总部的风格就是简洁、厚实、严谨而又大气，并且具有堡垒性的防卫能力。

随着同盟军的控制区的扩大，高旭急需一批通晓民政的基层干部。在高旭的构想之中，同盟军是军事上的硬实力，而同盟会则是政治上的软实力。到时同盟军在清军的手里光复山河，最终还需要一个有效的统治机构消化地方。在同盟军的控制区，绝不可能再把民政交给那些南明的贪官污吏去糟蹋。这就需要同盟会作为一个政治机构来治理地方。

同盟会初创不久，想要发挥效用，得需要时间去摸索经验。至于大致的组织构成，高旭虽然有了框架，但要进入具体的实践阶段，这需要一个契机。需要什么样的契机？或许需要同盟军的一场大捷，或许需要长期经验的积累。

高旭知道，开创性的事业并不能一蹴而就，一切都需要步步为营。

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对于九月份的江阴战局，高旭几乎每天都要参阅当日从江阴传到崇明的战报，密切关注战事的进程。在这新的一月里，阎应元同样没有让高旭失望，江阴城在他的主导之下，虽然形势逼人，但仍然坚持了下来。江阴众志成城的死守，博洛的屡攻不胜，使得战事又一次进入相持。强攻不下，博洛又抛出招降的橄榄枝，阎应元也给面子，每次都装作是要投降的样子，但最终又是说“不”。每次高旭收到江阴要降的消息之后，并没有像旁人那般担心，对于阎应元的能力与忠义，估计没人能像高旭那般确信无疑。

相对于江阴时断时续的攻防战，同盟舰队与清军水师为了争夺长江制江权的水战没有一天停顿过。高旭把赵天武的一营人马派到江阴充实同盟舰队的实力，以史战的水师第一营和顾三麻子的第二营牵制住耿仲明的清军水师之后，再派赵天武的水师陆战营骚扰清军长江沿岸的镇江、扬州等地，又派遣大量的同盟会会员潜入清军控制区宣传同盟会纲领，煽动反清热潮，扰乱清军的后方，并与上江中上游的反清势力联络，对满清占领区的稳定造成极大的动荡，这使得南京督抚江南的洪承畴焦头烂额。